Organisasi Pengurus Yayasan Hidayatullah Bontang terdiri dari:

Pembina
1. Pembina terdiri dari satu ketua yang didampingi oleh beberapa anggota.
2. Pembina diangkat oleh Organisasi.
3. Pembina diangkat untuk masa jabatan 5 (lima) tahun dan dapat diangkat kembali untuk
    periode berikutnya.

Tugas Pembina:
1. Merumuskan  Rencana  Induk Pengembangan  (RIP), Rencana  Strategis  (Renstra),
   pengembangan   Sumber  Daya  Insani  (SDI)  yang  disetujui  dan  ditetapkan  oleh
   Organisasi.

2. Memberi masukan, pertimbangan dan nasihat kepada Pengurus dan Pengawas baik diminta atau tidak.

Pengawas
Pengawas   diangkat   dan  diberhentikan   oleh Pembina.

Pengawas berwenang untuk:
Memanggil Pengurus serta jajarannya untuk tujuan pengawasan. Memberikan laporan kepada Pembina atas kesalahan/penyimpangan mendasar yang dilakukan oleh Pengurus.

Pengurus yang dibantu Departemen
1. Pengurus terdiri dari Ketua, Sekretaris, Bendahara
2. Ketua Pengurus adalah kader Hidayatullah yang dipilih dan ditetapkan oleh Pembina.
3. Sekretaris,   Bendahara   dan  Kepala   Departemen   adalah  kader  Hidayatullah   yang
    diangkat oleh Pembina dengan rnemperhatikan masukan dan pertimbangan Ketua Pengurus
    dan Pengawas.
4. Ketua Unit Kegiatan adalah kader Hidayatullah  yang diangkat oleh Pengurus dengan
    memperhatikan  masukan dan pertirnbangan Pengawas dan mendapat  persetujuan dari Pembina.
5. Masajabatan Pengurus adalah 5 (lima) tahun dan dapat diangkat kembali untuk periode berikutnya

Pengurus mempunyai tugas:
1. Melaksanakan  segala ketentuan dan kebijakan yang telah ditetapkan Pembina dan Organisasi
2. Membuat program kerja,  anggaran pendapatan  dan belanja tahunan  untuk dibahas bersama
    serta disetujui oleh Pembina
3. Meng-up  grade  kemampuan  Anggota  Pengurus,  Ketua  Unit Kegiatan  serta  para pegawai dan
    staff untuk pencapaian target program amal usaha
4. Memberikan  laporan rutin kepada Pembina

Pengurus berwenang untuk:
1. Mengangkat  dan memperhentikan  Kepala  Unit Kegiatan  dengan  memperhatikan masukan dan
    pertimbangan Pengawas dan mendapatkan  persetujuan dari Pembina
2. Mengangkat  dan memberhentikan Staff, Pegawai dan Karyawan Pesantren
3. Mengusulkan  pergantian  antar  waktu anggota  Pengurus  kepada Pembina  dengan
    pertimbangan pengawas
4. Mengusulkan pembukaan, pengembangan atau penutupan unit kegiatan baru kepada Pembina

Pengurus mempunyai hak:
1. Mendapatkan  anggaran dan fasilitas da1am rnenjalankan tugasnya
2. Mendapatkan masukan dari pengawas
3. Memberikan masukan kepada Pembina