Muatan Kurikulum SMA Hidayatullah Bontang meliputi sejumlah mata pelajaran yang keluasan dan kedalamannya sesuai dengan Standar Kompetensi dan Kompetensi Dasar yang ditetapkan oleh BSNP, dan muatan lokal yang dikembangkan oleh sekolah serta kegiatan pengembangan diri.
1. MATA PELAJARAN UMUM
Mata Pelajaran beserta alokasi waktu SMA Hidayatullah Bontang berpedoman pada struktur kurikulum di atas meliputi :
a. Pendidikan Agama
b. Kewarganegaraan dan Kepribadian
c. Bahasa Indonesia
d. Bahasa Inggris
e. Matematika
f. Ilmu Pengetahuan Alam (meliputi Fisika, Biologi dan Kimia)
g. Ilmu Pengetahuan Sosial (meliputi sejarah, ekonomi, geografi dan sosiologi)
h. Seni Budaya (seni rupa, khot/kaligrafi, nasyid)
i. Pendidikan Jasmani, olah raga dan kesehatan (Sepakbola, pencak silat, Takraw, Bola volli, Bulu tangkis, lari)
j. Ketrampilan / Teknologi Informasi dan Komunikasi
2. MUATAN LOKAL
Muatan lokal merupakan kegiatan kurikuler untuk mengembangkan kompetensi yang disesuaikan dengan ciri khas dan potensi daerah, termasuk keunggulan daerah/setempat, kebutuhan akan pengembangan sosial dan praktek keagamaan.
SMA Hidayatullah menambah muatan materi yang disesuaikan dengan kondisi dan daya dukung Satuan Pendidikan. Meliputi : Materi Agama Islam meliputi Al-Quran (:tahfidh, tarjim, Tajwid, tahsin), PAI, Aqidah tauhid, Fiqh, Bahasa Arab, Nahwu shorof, Hadits Arbain Nawawy, hafalan Hadits pilihan, dan Bulughul Marom mengingat bahwa SMA Hidayatullah Bontang adalah sekolah yang berbasis pondok pesantren yang kental dengan nilai-nilai keilmuan dan spiritualitas agama Islam sehingga cakupan, kedalaman dan ruang lingkup materi diperluas.
a. Bahasa Arab
Meliputi (Nahwu, Shorof, Muhaddatsah, Fahmul masmu’, Muhadhoroh bbahasa Arab, Khot, Imlak dan sebagainya.
b. Fiqh
c. Hadits Arbain Nawawy dan hadits pilihan
d. Aqidah Tauhid
e. Al-Quran