Kurikulum yang dipakai pada tahun pelajaran 2007 – 2008 adalah kurikulum 2006 (kurikulum Tingkat Satuan Pendidikan) yang tentunya pelaksanaan disekolah dimasukkan unsur – unsur nuansa islami sebagai bentuk keterpaduan didalam setiap mata pelajaran.
Dengan demikian SMA hidayatullah Bontang memiliki kurikulum yang punya ciri tersendiri yang membedakan dengan sekolah lain yang ada di Bontang
Kurikulum SMA Hidayatullah Bontang disusun dengan mengacu pada Standar Isi dan Standar Kompetensi Lulusan yang telah ditetapkan oleh BSNP dan model-model pembelajaran atau program yang dihasilkan oleh Pusat Kurikulum. Penyempurnaan secara berkelanjutan akan terus dilakukan seiring dengan terbitnya standar-standar lainnya, yaitu: standar proses, standar pendidik dan tenaga kependidikan, standar sarana dan prasarana, standar pengelolaan, standar pembiayaan, dan standar penilaian pendidikan yang merupakan sumber acuan lainnya dalam penyusunan kurikulum.
Kurikulum tingkat satuan pendidikan (KTSP) ini mulai dilaksanakan pada tahun pelajaran 2006/2007. Semoga Allah SWT senantiasa memberikan petunjuk terhadap segala upaya yang kita lakukan demi untuk peningkatan mutu pendidikan SMA Hidayatullah Bontang di Indonesia.
SKBM (Standart Ketuntasan Belajar Minimal)
| No | Mata Pelajaran | SKBM* | |
| Muatan Umum | | ||
| 1 | Pendidikan Agama Islam | 70 | |
| 2 | Pendidikan Kewarganegaraan | 60 | |
| 3 | Bahasa & Sastra Indonesia | 70 | |
| 4 | Bahasa Inggris | 60 | |
| 5 | Matematika | 45 | |
| 6 | Kesenian | 70 | |
| 7 | Pendidikan Jasmani | 70 | |
| 8 | Sejarah | 60 | |
| 9 | Geografi | 60 | |
| 10 | Ekonomi | 70 | |
| 11 | Sosiologi | 60 | |
| 12 | Fisika | 50 | |
| 13 | Kimia | 50 | |
| 14 | Biologi | 50 | |
| 15 | Teknologi Informasi dan komunikasi | 60 | |
| Muatan Lokal Kepesantrenan (Diniyah) |
| ||
| 16 | Bahasa Arab | 70 | |
| a. Muhaddatsah / Syafawi | |||
| b. Qiro'at / Mthola'ah | |||
| c. Kitabah / Tahiri | |||
| d. Nahwu Shorof | |||
| 17 | Al-Qur'an | 70 | |
| a. Tilawah / Membaca | |||
| b. Tahfidh / Menghafal | |||
|
| c. Tarjamah Lafdziyyah | ||
| 18 | Aqidah Tauhid | 70 | |
| 19 | Durusul Lughoh | 70 | |
| 20 | Tarikh Nabawi | 70 | |